2013年10月24日，国家卫生计生委宣传司公布了“国家卫生计生委首届期刊奖”名单，《疑难病杂志》喜获殊荣。本次评奖活动由国家卫生计生委组织，根据《医药卫生期刊综合评估体系(试行)》的具体要求，组织专家对国家卫计委主管参评期刊进行审读、评定，最终确定25种期刊，授予“国家卫生计生委首届期刊”荣誉称号。

《疑难病杂志》自创刊以来，始终坚持办刊宗旨，贯彻出版方针，努力提高期刊学术水平，打造品牌科技期刊。10年来已多次被评选为河北省期刊、中国北方期刊、河北省‘十佳’期刊等。期刊知名度和影响力逐年攀升，学术指标大幅增长，论文质量显著提高，有多篇论文进入学科领域“高被引10篇论文（TOP10）”“中国百篇具影响国内学术论文”，根据2013年版《中国科技期刊引证报告（核心版）》，本刊2012年影响因子为0.575，在所处学科分类居较高水平。